Linia brzegowa Japonii jest bardzo dobrze rozwinięta, a jej długość przekracza 30 000 km. Około 80% powierzchni zajmują niewysokie góry oraz wyżyny, około 10% - góry wysokie. Góry mają przebieg południkowy, a łańcuchy są rozdzielone śródgórskimi kotlinami o charakterze tektonicznym. Najwyższe pasmo znajduje się w środkowej części wyspy Honsiu. Stąd na wysokość 3776 m n.p.m. wznosi się najwyższy szczyt Japonii -wulkan Fudżi . Niziny zajmują około 10% powierzchni kraju. Są bardzo gęsto zaludnione i intensywnie wykorzystywane przez rolnictwo. Na nich skupiają się największe okręgi przemysłowe kraju. Wyspy Japońskie należą do tzw. ognistego pierścienia Pacyfiku (strefa aktywności sejsmicznej i wulkanicznej), który obejmuje wschodnie wybrzeże Azji i zachodnie wybrzeże Ameryki Północnej i Południowej . Aktywność sejsmiczną powoduje ruch płyt litosfery, na których styku leży Japonia. Rocznie notuje się tu 1000-3000 wstrząsów o różnej sile, z których kilkanaście jest odczuwalnych przez ludzi.